Filtračné zariadenie sa stará o rovnomerné prúdenie a miešanie vody v celom objeme bazénu. Len tak je možné zabezpečiť, aby dezinfekcia vody bola účinná v každej jeho časti. V prípade nedostatočného výkonu filtračnej technológie alebo nevhodne rozmiestnených trysiek dochádza k vzniku hluchých miest, na ktorých sa tvoria riasy. Dodatočné odstránenie tohto problému je pomerne nákladné a vyžaduje si výrazné stavebné zásahy do telesa bazénu. Preto je vhodné jeho stavbu nechať hneď od začiatku na špecialistov.
Podobne ako pri čistení pitnej vody, je aj v prípade bazénov, najvýhodnejšia piesková filtrácia. Čistenie je jednoduché a výmena pieskovej náplne výrazne znižuje prevádzkové náklady. Filtračný účinok možno zvýrazniť výmenou piesku za špeciálne náplne, ktorých účinnosť je oveľa vyššia. Proces filtrácie je plynulý a automatický. Čerpadlo nasáva bazénovú vodu obsahujúcu nečistoty a tá sa vo filtri postupne pretláča cez kremičitý piesok, ktorý kladie vode prirodzený odpor a väčšinu nerozpustných nečistôt zachytí. Vyčistená voda sa potom vracia späť do bazéna.
Výber správnej filtračnej jednotky sa odvíja od objemu vody v bazéne. Výkon čerpadla by mal umožniť, aby celý objem bazéna prešiel filtrom v priebehu troch až štyroch hodín. Inštalácia filtrácie si vyžaduje viacero dôležitých opatrení na obmedzenie rizík a správne umiestnenie potrubných rozvodov a elementov recirkulácie. Preto by montáž mali vykonávať odborníci, ktorým odporúčame zveriť aj pravidelnú údržbu filtrácie. Po určitom čase sa totiž piesok zanesie a je nevyhnutné ho preprať, prípadne vymeniť.